話し方

What do you mean? はこのままだと文字数少なくてエラー

What do you mean by that?
By thatは相手の発言の内容を示す。

by that"における"by"は、以下のような意味合いを持っています。

〜について、〜に関して
"What do you mean by that?" = "What do you mean about/concerning that?"
つまり、相手の発言した"that"の内容について、何を意味しているのかを尋ねている。

〜によって、〜から
"I was confused by that statement." = "I was confused from/because of that statement."
つまり、相手の発言した"that"の内容によって、または"that"から混乱したという意味。

〜を使って、〜を手段にして
"I can't understand by that explanation." = "I can't understand using that explanation."
つまり、相手の説明した"that"を手段にして、理解することができないという意味。

このように、"by that"の"by"は、発言や説明の内容そのものを指し示し、それについて、それによって、それを使ってなどの意味合いを持っています。

会話の文脈から、"by that"が指し示す対象が明確になり、相手の発言した内容に関する質問や意見を表す際に使われる表現なのです

What do you mean?
直訳であなたは何を意味している?」と訳されます。

しかし、この質問の実際の用法としては、以下のようなニュアンスがあります:

相手の発言の意味や意図を確認したい時
相手の言ったことがよくわからない時
相手に説明を求めたい時

つまり、相手の発言に対して、「それは一体何を意味するのか?」と尋ねる質問文になります。